In Raja Ampat gibt es mindestens 18 verschiedene Meeressäugerarten und weitere 3 in den Meeren von Ost-Indonesien:
- Blauwal (Balaenoptera musculus)
- Brydewal (Balaenoptera brydei)
- Omurawal (Balaenoptera omurai)
- Pottwal (Physeter macrocephalus)
- Zwergpottwal (Kogia breviceps)
- Blainville-Schnabelwal (Mesoplodon densirostris)
- Schwertwal (Orcinus orca)
- Kleiner Schwertwal (Pseudorca crassidens)
- Zwerggrindwal (Feresa attenuata)
- Kurzflossen-Grindwal (Globicephala macrorhynchus)
- Rundkopfdelphin (Grampus griseus)
- Ostpazifischer Delphin (Stenella longirostris)
- Kleiner Ostpazifischer Delphin (Stenella longirostris roseiventris)
- Schlankdelphin (Stenella attenuata)
- Indopazifischer Großer Tümmler (Tursiops aduncus)
- Großer Tümmler (Tursiops truncatus)
- Borneo- oder Fraser-Delphin (Lagenodelphis hosei)
- Rauhzahndelphin (Steno bredanensis)
- Humpback-Delphin (Sousa chinensis)
- Dugong (Dugong dugon)