In Raja Ampat gibt es mindestens 18 verschiedene Meeressäugerarten und weitere 3 in den Meeren von Ost-Indonesien:

• Blauwal (Balaenoptera musculus)
• Brydewal (Balaenoptera brydei)
• Omurawal (Balaenoptera omurai)
• Pottwal (Physeter macrocephalus)
• Zwergpottwal (Kogia breviceps)
• Blainville-Schnabelwal (Mesoplodon densirostris)
• Schwertwal (Orcinus orca)
• Kleiner Schwertwal (Pseudorca crassidens)
• Zwerggrindwal (Feresa attenuata)
• Kurzflossen-Grindwal (Globicephala macrorhynchus)
• Rundkopfdelphin (Grampus griseus)
• Ostpazifischer Delphin (Stenella longirostris)
• Kleiner Ostpazifischer Delphin (Stenella longirostris roseiventris)
• Schlankdelphin (Stenella attenuata)
• Indopazifischer Großer Tümmler (Tursiops aduncus)
• Großer Tümmler (Tursiops truncatus)
• Borneo- oder Fraser-Delphin (Lagenodelphis hosei)
• Rauhzahndelphin (Steno bredanensis)
• Humpback-Delphin (Sousa chinensis)
• Dugong (Dugong dugon)